故事的背景设定是在梵蒂冈有一个专门调查世界各地传说中发生的奇迹的调查机构"圣徒之座"，属于这个机构的神父被人称为"调查官"。日裔美国人天才科学家兼神父平贺与意大利神父，古代文字，密码解读专家罗贝尔特·尼古拉斯搭档在全球各地调查所谓的奇迹，解决奇迹背后一桩又一桩的神秘案件。