《饼干警长》的故事发生在一个神奇的食品王国--"饼干城"里。饼干城的一切都是由食品构成的，蛋糕皇宫，糖果靴警局，爆米花电影院，牛奶河。。。居住在这个美丽小镇的是天性善良，长相可爱的饼干人。饼干城的最高统治者是集成了神圣钥匙的饼干女王。她有可爱的牛角面包辫子，精致的奶油裙子，优雅的贵族气质和这个年纪女孩都有的"小小"任性。对于这点最大的受害者就是我们可敬的饼干城的守护者--饼干警长和他的搭档曲奇警员了。为了满足小女王各种奇怪的要求，警长和曲奇忙的不可开交，同时还要时时警惕来自砂糖沙漠的威胁----霉三兄弟强盗团。发了霉的饼干三兄弟--老大霉脸，老二霉头，老三霉脑，是对饼干城和平的最大威胁。霉脸一直觊觎女王手中象征饼干城统治权的神圣钥匙，妄图把它据为己有，一举占领饼干城，以报复当初流放他们的老国王。为此他一刻不停在痰盂飞船里发明道具，策划阴谋，准备发起钥匙夺取行动。唯一能对抗霉三兄弟的就是我们英勇的饼干警长和善于发明的曲奇警员了。在曲奇发明的颠三倒四枪，警车机器人，万能遥控器等神奇道具的"帮助"下，警长战胜了霉脸大盗研制的笑笑菌，催眠棒棒糖，颜色控制器等乌龙道具，守住了神圣钥匙和饼干女王，也保护了饼干城的和平。