明治11年夏天,维新重臣大久保利通突遭暗杀.在这起事件背后,前维新志士志志雄真实(池田政典 配音)的身影渐渐浮现.当年他曾接任剑心担任刽子手,却最终遭到维新政府的背叛险致丧命.从地狱活转过来的志志雄,如今开始慢慢揭开"京都破坏计划"的黑幕.为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋,密探集团——京都御庭番众的首领翁交给遗孤少女卷町操(樱井智 配音)一项重要的任务,命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心(凉风真世 配音).操独自来到东海道,意外得知了心上人四乃森苍紫(安原义人 配音)的消息,而此时剑心也怀着和翁同样的目的启程前往京都. 剑心和操一路同行,最终在新月村遇到了志志雄及其亲信濑田宗次郎.双方的志向终究无法达成统一,一场正邪决战提前爆发了……