故事讲述了主人公匡平离开了自己的故乡来到东京开始了，过着平凡的大学生活。有一天夜里打算跟同班同学的日日乃告白，两人却意外目击到了被斩杀的尸体。匡平有个妹妹叫诗绪，她有着“只”的资格可以操控被侍奉为“神的空壳”的神秘人偶“案山子”。她转达了他关于他儿时玩伴阿几逃出村子的消息。其实同样是“只”的阿几曾在村中引起过悲剧。后来他们遭到了阿几的袭击……诸神的战斗即将展开……