这次的时间背景设定为前作的两年后。失去了蓝龙的修现在还是没有闲着，还不断与敌人的军队战斗。有一天修他们的基地附近落下了什么东西，听到爆炸声后修他们立刻赶到现场，在这里他们发现了一个迷之少年罗伊，还有修他们即将要面对的敌人。人类的未来又再一次托付于这名热血少年修之手。修将和蓝龙，及其伙伴们展开新一轮的冒险。