创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了三分之二的人口.南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了.他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」.另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」.这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器.Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身.要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人.这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来.而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来……