《心跳回忆ONLY LOVE》的故事以这个独自转校来到绸织高校的转学生——青叶陆。怀着不安的他来到新的学园，虽然学园有怪异的习俗，古怪的老师，并且被卷入学生会恶作剧般的阴谋。但就在这样一个普通废柴男的身边，近乎完美的美少女天宫小百合、想恋就恋的元气娘春日司，妹妹型的游泳少女弥生水奈一个个和他交上了朋友，与美女为伴的大贺陆能顺利过完他的高中生活吗？他会和谁共同度过高中的那段“心跳回忆”呢？