近未来的日本,一个叫做"疏濑"的城市中,市民过着平凡的生活,只不过,在城市的一角,山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂,每天固定时刻,那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽. 小学6年级学生直太,与高中女生真见美,直太那个留学的哥哥的女友,一起在河边打发时间.本该是继续平凡的日子,随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了. 直太头上长出了奇怪的角!而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家.睛子的秘密与她口中常念起的"FLCL"的含义,令直太的生活有了翻天覆地的改变.