东京铁塔上，三个不相识的女孩在一道强光下，突然掉在半空中。名为古列夫的魔导师告诉女孩们说，只有成为魔法骑士拯救锡菲罗，她们才能回到原来的世界。锡菲罗是个是一个充满意志力的世界，“意志力”可突破一切的限制。锡菲罗的世界架于一个所谓“支柱”结构上，在支柱“艾美诺公主”祈祷下，世界一片祥和。她们在任务中遇到了相当多的敌人和磨难，也使她们三人的感情越来越好。但真正的内幕是。艾美诺爱上了神官谢加图，支柱是不能有私心的。而谢加图，也只想保护心爱的人。所以艾美诺选择自我毁灭为解脱。艾美诺真正的愿望是希望魔法骑士杀了她，来成全她和谢加图。完成了公主的愿望后，三人便一起回到现实的世界。可是事情并未因此而结束。失去支柱的锡菲罗慢慢步入崩溃。这个时候魔法骑士决定再次到锡菲罗帮忙。小光时常梦见露华和迪波妮亚（新的敌人）。这表示有不好的预感。这时有三个国家知道锡菲罗失去支柱的消息，纷纷都来进攻锡菲罗以夺取支柱的系统。谢加图之弟兰迪斯及其好友伊格尔怀着各自的目的，探求“支柱之路”的秘密。成为“支柱”，不允许爱上任何人，注定孤独一生，只能为了这个世界的幸福日夜祈祷，然而，又有谁、又有谁来守护这个少女的幸福，又有谁为这个少女而祈祷？这个残酷的制度到了该终结的时候，维护这个世界的幸福是所有人的责任。