1999年，日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。数年后，横浜大桥突然被战斗机炸毁，官方报导称肇事飞机属于自卫队。民众广泛对自卫队产生了不信任感。 特车二课第二小队的后藤队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关。而柘植是特车二课第一小队队长南云原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤和南云追查到了柘植的下落。 后藤招集起泉，篠原等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……