某日，工藤大器听到了神秘的旋律。那是将死之人的喘息和求救声。「我…不能丢下不管！」脱口而出的大器与发出声音的的高吼兽的心灵回响的瞬间，神秘的 DEVICE·DIGIMON XROS LOADER出现了！高吼兽那行将消逝的旋律被收入其中，而太纪则被带入了未曾相识的世界。大器战斗着，前进着。他所希望的究竟是数码世界的王者、还是和平的再临？故事的主线是说少年们将会成为数码宝贝军的指挥官和敌对的数码宝贝军进行战斗。即“数码宝贝军VS数码宝贝军！空前绝后的大战即将开始！”