主要剧情是讲立志成为神奇宝贝大师的小智，和皮卡丘一起踏上旅途。一路上，小智邂逅了不少同伴，劲敌，好友，和他们展开了一次又一次冒险。本次的故事发生在全新的冒险舞台——"合众地方"。其蓝本是第五代游戏（神奇宝贝黑白），小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝和天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。