故事讲述了穿梭于现代与战国时代的戈薇与犬夜叉终于从神乐那里明白了宿敌奈落可称为要害的心脏所在，卷入了杀生丸以及拥有四魂之玉碎片的琥珀和钢牙。心生反叛奈落之心的神乐和魍魉丸等人暗中在行动，桔梗想要通过完成四魂之玉以消灭奈落。然而已得到人之邪心的奈落却早已等待着这一刻，当四魂之玉完成之机，就是最终决战开始之时。