故事发生在战国时代.出生于普通忍者家庭的猪名寺 乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校.在那里认识了富商的儿子福富しんべヱ和战争中丧失父母的摄津の きり丸,并成为好友,组成了"三人组".每集内容主要讲述三位"忍蛋"(小忍者)在忍者学校所发生的趣事.电视系列剧曾先后在中国大陆,台湾,香港播映.忍术学校的目的是培养小忍者.在忍术学校里有不同学科的教授,性格各异的老师 ,高年级的天才忍者,女忍者,还有忍犬ヘムヘム,古怪的校长大川 平次 涡正,非常之热闹!乱太郎们三人组在上课和考试中常常失败,并且总是在问为什么,但他们仍坚持着并立志成为一流的出色忍者.忍术学校的校长的变幻无常,总是作出奇奇怪怪的决定,因而发生了许多有趣的故事,乱太郎等也常卷入各种各样的事件.小忍者们充满正义感,面对任何困难都努力解决.