小智,皮卡丘,长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散,便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影;另一方面,新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家,小光亦想成为顶尖协调训练家,于是由双叶镇出发展开路程.可是她在真砂镇迷路,之后她碰上山梨博士,到达他的研究所,在发生了一些列事件后,小光选择了波加曼作为初始的神奇宝贝开始旅行。在尝试捕捉神奇宝贝的途中,小光遇到了与小智失散的皮卡丘,因缘际会的小光从火箭队的手中救下了皮卡丘。