主人公圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI（Football Frontier International）世界大赛获得优胜的10年后，一位最喜欢足球的少年99松风天马因为憧憬圆堂等人的闪电十一人，于是进入雷门中学，而加入雷门足球队。不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失，而让足球完全腐败了。不知为何，全国足球被叫作“第五部门”的组织所控制，如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五部门”的种子选手99剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们为了找回十年前的足球精神，新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战…！