在都市内出现了连续女性被杀事件.经警察调察,犯案者是异形怪物,而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰……风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家.而真则自愿成为了研制不治之病的实验品,但却被疯狂的科学家·鬼冢实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士:真·假面骑士.但鬼冢最大的目的就是要将真供幕后BOSS·"财团"作为军事武器.真最后逃出了『财团』的魔掌,并且与"财团"的超级改造战士·豪岛展开生死战!