在遥远的时间尽头。世界被大规模“污染物质”覆盖后，大地被新的主宰污染兽所占领。人类无法居住的荒野被称为“污染兽”的异形怪物所占据，人类在拥有独立意识及功能的“自律型移动都市”中生活。赌上各自的存亡，都市与都市之间被操控着进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。少年少女们为了保护自己的都市，使用超能力“剄”不断进行战斗。故事就发生在无数“移动都市”中的其中一个“学院都市切尔尼”，少年雷弗在新生入学仪式上在与其他学院的学生引发的骚乱中救了一名少女，因此被要求加入刚成立不久的都市护卫“第十七小队”中。