在近未来，东京被水淹没。青之6号正在新宿一带的港口进行补给工作，准备向破坏者“桑·德古”展开反击。除此之外，6号还有一个重要任务，那就是把优秀学员速水铁带回基地。按照舰长伊贺的命令，纪之真弓来到一处大厦废墟寻访速水的下落。而此时的速水铁正过着潦倒的生活，依靠海底打捞工作为上生。纪之真弓觉得速水厌世的态度极为讨厌，但还是按照上级的指示劝说他返回总部。可是，速水铁根本没有理会真弓的劝告。纪之真弓未能成功说服速水，心灰意冷的归去。 此时，港湾正被桑·德古的机动兵器——扎利卡尼袭击。扎利卡尼把真弓一行人包围，千钧一发之际，速水出现替他们解围。 正在东京补给的青六号突然遭到了“桑·德古军”主力——幽灵舰的攻击。被迫无奈正要进行反击时，成潮号挺身而出掩护青六号的