游戏王5D'S是继承了动画《游戏王-怪兽之决斗》的世界观的新系列第3部.与前两作不同,本作的舞台是数十年后的童实野市.开始时"骑着摩托车决斗"的概念造成了话题.此外,虽然本作是以进行骑着摩托车决斗的"骑乘决斗(Riding Duel)"为主,但并不是所有的决斗都是骑着摩托车进行,以往传统的决斗也会出现.本作虽然也是以卡片游戏为主轴的故事,但主标题去掉了"怪兽之决斗(Duel Monsters)","游戏王"的标题LOGO也使用了全新的设计.虽然如此,本作也继承了将这个世界里的卡片游戏称为"怪兽之决斗"的说法. 武藤游戏的时代数十年后的童实野町,演变成了阶级社会的未来都市——新童实野市.主人公不动游星驾驶着决斗盘的进化型D轮摩托以从下层区到上层区为目标奔驰. 以夺走对自己和朋友很重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目标,终于游星和杰克对峙了.怀着各自的坚定信念的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开激烈冲突!在二龙之战中忽然出现的神秘红龙,让游星的手臂浮现出了龙之印.由龙之印所引导的各自的命运在这一刻开始了.到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么?龙之印所带来的到底又是什么呢?