创圣纪0011年地球上的人类由于大异变失去三分之二人口。南极冰层融化使被认为1万2千年前已被灭亡的有翼种族堕天翅族亚特兰蒂亚苏醒。他们派出生物机械兵器神话兽去捕获人类的生体能源普拉纳。 人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合战斗机Vector Machine。这是在1万2千年前将堕天翅族灭亡的传说中的兵器。若3架战斗机合体，将变成机械天使Aquarion。 要启动Aquarion，需能与机体的机械生命感应和共鸣，称为Element的人。要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁的少年少女被选为机师。而后机械天使Aquarion合体的时刻终于到来。