话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟,它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠.一次偶然机会,它们救了一名正义的电视女记者,她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人.在多次行侠仗义后,他们与城市里的一个神秘组织结怨.这个组织招募了很多无知的青少年,教他们功夫,同时也指示他们做坏事.在神秘组织的一次突袭后,由于寡不敌众,忍者神龟受了重伤,同时,他们的老师也被这个神秘……