喜欢魔术的高中生黑羽快斗，偶然发现了藏在自己房间里的密室。这个密室是他的父亲──世界知名的魔术家黑羽盗一，在8年前一次事故中神秘死去前所使用的。密室中存放著8年前消失的神秘大盗怪盗基德的装备和服装。黑羽快斗穿上怪盗基德的服装，并与父亲多年前的助手，如今正在假扮怪盗基德的寺井黄之助相遇，才知晓自己的父亲当年是死于谋杀。为了揭开父亲的死因，黑羽快斗决定继承父亲怪盗基德的身份，并且调查父亲的死因。