在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。 一个叫小羽的男孩想进去那个森林去画画，在森林内，小羽遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比，当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候，雪拉比带着小羽到了40年后，正好小智他们在这森林里，他们救了小羽，小羽告诉了小智他们关于雪拉比的事，小智他们救了雪拉比,并和他成为了好朋友。 与此同时，火箭队的三干部之一比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪比拉。他比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与小羽拼命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！小智们能否拯救雪拉比和森林呢？