《阿优之神奇萝卜3》的故事延续《阿优之神奇萝卜》和《阿优之神奇萝卜2》，继续围绕聪明机灵、执着、有韧性，信守诺言的阿优和憨厚爱吃的胖仔、刻板教条的男人婆、胆小娇弱的阿美以及宠物狗小白在一个神奇的岛——萝卜岛上发生的奇妙生活展开。他们向农学博士许下承诺，保护这颗大萝卜的安全生长，而他们的对手是怀着不同理想的三只兔子——渴望成为月兔厨师的兔菲、渴望环游世界的跳跳兔以及渴望吃美味萝卜的甩耳兔，它们并非坏蛋，只是希望得到大萝卜去实现自己的理想。