倾心于天文研究的兜甲儿自美国NASA留学归国，来到宇门源藏博士创办的宇宙科学研究所见习协助研究，并藉此结识了茂才特立的所长养子宇门大介。伴随着曾出不穷的不明飞行物体出现，月亮在夜晚中产生被染成红色的异象，处心积虑企图征服全宇宙的‘贝加星联合军’（ベガ星连合军），将魔爪伸往地球再掀新的战端，以月球背面作为据点举军率领大量飞碟及‘飞碟兽’（円盘兽）、‘贝加兽’（ベガ兽）进行侵略战争。有着一段不为人知的惨痛过去的弗利特星王子宇门大介，为了不让所热爱的第二故乡重蹈覆辙，毅然地再度挺身而出驾驶古兰戴萨（グレンダイザー），恢复“杜克‧弗利特”（デューク‧フリード）之名誓死赌上自身性命，与甲儿一同保护这片绿意盎然的大地。