日本新番动画动漫美少女戦士セーラームーンS在上次的事件结束后，豆钉兔挥别了众人回到了未来世界；而归于和平的现实世界，也像时间停止般的渡过了平静的每一天。 时光如梭，阿兔等人升上了中学三年级，为了高中入学考试，她们聚在阿玲家，组织了一个读书会，为了进入理想的高中而一起努力着。 但，这时阿玲却作了一个恶梦，梦中的她看见了世界被毁灭，同伴们也一一惨遭毒手；自认梦境并非虚构的她因此挂心不已…… 某日，想试着去找出恶梦原因的阿玲，突然被不明的敌人给袭击，敌人的目标居然是她的“纯真之心”！这时阿兔与众人想营救阿玲而变身成美少女战士，但是众人不但毫无招架之力的被打败了，而且居然连阿兔的变身胸针也……！ 但就在众人陷入大危机的时候，神秘的两个人突然现身了，“她”们不但轻而易举的打败了敌人，而且在拿阿玲的纯真内心结晶时还说了“不，这并不是心能结晶”的话才还给阿玲，之后头也不回的丢下阿兔等人，像一阵风一样的离开…… 她们的身份到底是……？目的又是……？ 一场前所未见的灾难与风暴，正悄悄的开始迫近了……！