迷你特工队成功防御住了怪诞博士的攻击,为了应对今后的强敌,他们开发出了全新的超级恐龙机甲!真正的反派头领鬼面大王重新赋予怪诞博士更加强大的力量,但是怪诞博士还是屡战屡败.鬼面大王终于无法容忍怪诞博士的失败,派遣了新的手下——狂野博士.大敌当前,迷你特工队迅速补充了新的队员——丽娜.面对不断变强的敌人,包括丽娜在内的六名队员通过共同合作,运用智慧与勇气,最终击退一个又一个强敌,保护了人类和地球.