故事讲述了死神武器工匠专业学院，简称“死武专”，学院里的学生分为“工匠”和“武器”，而他们的目的是收集九十九个“偏离人类轨道已形成‘鬼神之卵’”的灵魂和一个“魔女的灵魂”，当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级成为死神专用武器Death Scythe。为了达成这一目标，少年和少女们开始了自己的冒险。