异常者战争结束，X创造出人类与机器人共存的理想社会—新·阿卡迪亚。但X突然失踪，新·阿卡迪亚政府为避免恐慌，命天才科学家少女雪儿以X的DNA制造出X复制体—Copy-X。Copy-X在能源短缺的情况下选择处决无贡献型机器人以求继续发展，雪儿得知后，带领部分机器人逃离新·阿卡迪亚，组成反抗军。她深知抵抗并不能解决问题，直至她想起一个传说：一位于一百年前被封印的最强红色异常者猎人—ZERO......