故事讲述从东京都西部被分割出来的学园都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。故事的主人公上条当麻是这里的一个无能力者，一直过着不幸的生活，但他并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化，名叫幻想杀手。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女，这位少女自称自己的名字叫禁书目录（Index），从魔术的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，上条当麻的命运被彻底改变。掌握了十万三千本魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年，将面临一系列惊险故事。