故事讲述的是主角“夏目智春”被青梅竹马的幽灵少女缠上，再升入高中之后意外的从身著黑色服装的美女手中获得了名为“机巧魔神”的谜之兵器，并被赋予了运用兵器拯救世界发使命，从中得知了世界隐藏的真相——神舍弃了人类，而这个世界曾遭遇过一次毁灭，并借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，各式各样的猎奇、诡异、惊悚事件，就以这些人为中心展开。