在作品的时代中，许多男性因环境荷尔蒙丧失生殖能力，依然拥有生殖力的男性就成了国家保护的对象，被迫为人类的存续成为SEED。樱井直在成为SEED之后一直感到无所适从。因此一直向第一次与他进行性行为的夏芽学姊寻求问题的解答，而夏芽学姊也教会了他生命的可贵。但是有一天，夏芽学姊却表示要拿掉他们两人的孩子…