故事主角进藤光一开始是个小学生，在去爷爷家玩耍的时候他发现了一块有着血迹的棋盘，奇怪的是别人竟然都看不见那快血迹，就在他惊讶的时候他的面前出现了一个温文而雅的自称叫做藤原佐为的鬼魂。原来在平安时代，佐为是当时的围棋国手天天陪着主公下棋，但是在一次围棋比赛中他被歼人陷害不仅失去了比赛胜利而且还被名誉诬陷赶出了京城，心灰意懒又无求生本领的佐为为气愤之下投合自尽，但是由于他实在太想成为天下第一…… 唸小六的進藤光，某天在爺爺家裡翻出一個舊棋盤，就在那瞬間，寄居在棋盤裡的天才棋士，藤原佐為的靈魂，跑進光仔的意識裡。光仔受到熱愛圍棋的佐為薰陶，加上認識了名人的兒子，天才少年塔矢亮，由此漸漸對圍棋產生興趣。 《棋魂》甫出中文版便成為新聞群組的談論焦點，其獨特之處是：不懂得圍棋的讀者，一樣看得津津有味，感受到臨陣對壘的壓迫感和趣味性！看到進藤光和佐為玩圍棋玩得那麼開心，叫人按不住也想一嘗箇中樂趣，有不少讀者現在已玩起圍棋來呢